Yksi mielenkiintoisimmista seikoista floresinihmisessä on ollut jäänteiden ajoitus. Nuorimmat löydöt olivat tutkijoiden mukaan vain noin 12.000 vuotta vanhoja, eli laji olisi elänyt samalla alueella pitkään nykyihmisen kanssa; nykyihminen saapui alueelle viimeistään 50.000 vuotta sitten. Nyt uusimmat tutkimustulokset näyttävät romuttavan aiemmat tiedot. Naturessa julkaistun tutkimuksen mukaan floresinihmisen luujäänteet ajoittuvat aikavälille 100.000-60.000 vuotta, ja floresinihmisten seurasta löytyneet kivityökalut aikavälille 190.000-50.000 vuotta. Floresinsaarella luujäänteiden ikä-arviot ovat suurelta osin perustuneet sedimenttikerrosten ajoitukseen, sillä trooppisilta alueilta on luujäänteistä vaikea tehdä radiohiiliajoituksia orgaanisen aineksen nopean hajoamisen takia. Aiemmissa tutkimuksissa – missä on selvitetty vain pientä osaa alueesta – maakerrosten ajoittaminen on ollut epätarkkaa, johtuen mm. alueella tapahtuneesta eroosiosta ja maanvyöryistä. Nyt lisätutkimusten perusteella käsitys alueen arkeologisten kerrosten suhteesta toisiinsa on selvästi parantunut, ja hobittien jäänteet näyttävät löytyvän huomattavasti aiempaa arviota vanhemmista kerrostumista.
Tuoreet tulokset eivät perustu vain kerrostumien selvittämiseen, vaan tutkijat ovat ajoittaneet sekä floresinihmisten että Stegodon-norsujen luita mm. uraani-torium -isotooppien perusteella. Ajoituksia tehtiin myös mm. sedimenttikerroksista löytyneistä kvartsikiteistä sekä tippukivistä. Kaikki menetelmät antavat samansuuntaisia tuloksia: löydetyt floresinihmisten jäänteet ovat vähintään 50.000 vuotta vanhoja. Sen sijaan alueelta löydetyt nykyihmisen jäänteet ja puuhiili ajoittuvat huomattavasti floresinihmistä nuoremmiksi.
Uudet tiedot ovat pieni pettymys, sillä 12.000 vuoden takainen floresinihminen olisi ollut ainut pitkään nykyihmisen kanssa elänyt ihmislaji. Toki nykytiedolla ei voida täysin poissulkea floresinihmisen esiintymistä saarella vielä 50.000 vuoden jälkeenkin, mutta se vaikuttaa epätodennäköiseltä. Haastatteluissa (1, 2) tutkimusryhmä onkin arvellut, että todennäköisesti nykyihminen oli syypää floresinihmisen katoamiseen. Samaan aikaan floresinsaarelta katosi myös muuta lajistoa, mm. Stegodon-norsut sekä jättiläisvaraanit.
Kun nykyihminen lähti Afrikasta noin 100.000 vuotta sitten, maapallolla eli 4-5 muuta ihmislajia (tai alalajia). Nykyihmisen levittäytymistä seurasi melko nopeasti muiden Homo-suvun lajien katoaminen. Vain Floresinsaari näytti pitkään olleen poikkeus, missä nykyihminen ja floresinihminen elivät kymmeniä tuhansia vuosia rinta rinnan. Uusien tulosten valossa floresinsaari ei ehkä kuitenkaan ollut mikään lintukoto, vaan yhtä lailla liian pieni kahdelle ihmislajille.